1887

2 Bacterial Human Pathogen Genomes: an Overview

MyBook is a cheap paperback edition of the original book and will be sold at uniform, low price.

Preview this chapter:
Zoom in
Zoomout

2 Bacterial Human Pathogen Genomes: an Overview, Page 1 of 2

| /docserver/preview/fulltext/10.1128/9781555817633/9781555813024_Chap02-1.gif /docserver/preview/fulltext/10.1128/9781555817633/9781555813024_Chap02-2.gif

Abstract:

This chapter provides an overview of what has been learned from analysis of bacterial human pathogen genomes. Bacterial human pathogens such as alphaproteobacteria, spirochetes, actinobacteria, firmicutes and gammaproteobacteria are studied. is a common commensal of the human respiratory tract. Three genes of the tricarboxylic acid (TCA) cycle are missing (citrate synthase, isocitrate dehydrogenase, and aconitase). This explains the requirement for high levels of glutamate in culture media. The relatively large size of the genome is attributed to the presence of a number of paralogous gene families. exists in parasitic association with ciliated epithelial cells of human genital and respiratory tracts. It can be seen from the summaries presented that bacterial pathogen genomes have provided researchers with an unprecedented wealth of fundamental information on the functional (and nonfunctional) content of pathogen genomes. In terms of the benefits to basic science, the payoff has been huge. Genome sequencing has fundamentally altered the rate and range of projects that can be undertaken at the bench. It has allowed novel insights into fundamental questions of bacterial metabolism and evolution. The chapter ends with concluding remarks looking at the major findings from bacterial pathogen genomics to date, the impact on treatment and disease control, and finally a discussion of possible directions for future research.

Citation: Bentley S, Sebaihia M, Thomson N, Holden M, Crossman L, Bell K, Cerdeño-Tarraga A, Parkhill J. 2004. 2 Bacterial Human Pathogen Genomes: an Overview, p 35-62. In Cossart P, Boquet P, Normark S, Rappuoli R (ed), Cellular Microbiology, Second Edition. ASM Press, Washington, DC. doi: 10.1128/9781555817633.ch2

Key Concept Ranking

Mobile Genetic Elements
0.44632792
Type III Secretion System
0.42623982
Restriction Fragment Length Polymorphism
0.40857434
0.44632792
Highlighted Text: Show | Hide
Loading full text...

Full text loading...

References

/content/book/10.1128/9781555817633.chap2
1. Ajdic, D.,, W. M. McShan,, R. E. McLaughlin,, G. Savic,, J. Chang,, M. B. Carson,, C. Primeaux,, R. Tian,, S. Kenton,, H. Jia,, S. Lin,, Y. Qian,, S. Li,, H. Zhu,, F. Najar,, H. Lai,, J. White,, B. A. Roe,, and J. J. Ferretti. 2002. Genome sequence of Streptococcus mutans UA159, a cariogenic dental pathogen. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99: 14434 14439.
2. Alm, R. A.,, L. S. Ling,, D. T. Moir,, B. L. King,, E. D. Brown,, P. C. Doig,, D. R. Smith,, B. Noonan,, B. C. Guild,, B. L. deJonge,, G. Carmel,, P. J. Tummino,, A. Caruso,, M. Uria-Nickelsen,, D. M. Mills,, C. Ives,, R. Gibson,, D. Merberg,, S. D. Mills,, Q. Jiang,, D. E. Taylor,, G. F. Vovis,, and T. J. Trust. 1999. Genomic-sequence comparison of two unrelated isolates of the human gastric pathogen Helicobacter pylori. Nature 397: 176 180.
3. Andersson, S. G.,, A. Zomorodipour,, J. O. Andersson,, T. Sicheritz-Ponten,, U. C. Alsmark,, R. M. Podowski,, A. K. Naslund,, A. S. Eriksson,, H. H. Winkler,, and C. G. Kurland. 1998. The genome sequence of Rickettsia prowazekii and the origin of mitochondria. Nature 396: 133 140.
4. Baba, T.,, F. Takeuchi,, M. Kuroda,, H. Yuzawa,, K. Aoki,, A. Oguchi,, Y. Nagai,, N. Iwama,, K. Asano,, T. Naimi,, H. Kuroda,, L. Cui,, K. Yamamoto,, and K. Hiramatsu. 2002. Genome and virulence determinants of high virulence community-acquired MRSA. Lancet 359: 1819 1827.
5. Beres, S. B.,, G. L. Sylva,, K. D. Barbian,, B. Lei,, J. S. Hoff,, N. D. Mammarella,, M. Y. Liu,, J. C. Smoot,, S. F. Porcella,, L. D. Parkins,, D. S. Campbell,, T. M. Smith,, J. K. McCormick,, D. Y. Leung,, P. M. Schlievert,, and J. M. Musser. 2002. Genome sequence of a serotype M3 strain of group A Streptococcus: phage-encoded toxins, the high-virulence phenotype, and clone emergence. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99: 0078 10083.
6. Chambaud, I.,, R. Heilig,, S. Ferris,, V. Barbe,, D. Samson,, F. Galisson,, I. Moszer,, K. Dybvig,, H. Wroblewski,, A. Viari,, E. P. Rocha,, and A. Blanchard. 2001. The complete genome sequence of the murine respiratory pathogen Mycoplasma pulmonis. Nucleic Acids Res. 29: 2145 2153.
7. Cole, S. T.,, R. Brosch,, J. Parkhill,, T. Garnier,, C. Churcher,, D. Harris,, S. V. Gordon,, K. Eiglmeier,, S. Gas,, C. E. Barry III,, F. Tekaia,, K. Badcock,, D. Basham,, D. Brown,, T. Chillingworth,, R. Connor,, R. Davies,, K. Devlin,, T. Feltwell,, S. Gentles,, N. Hamlin,, S. Holroyd,, T. Hornsby,, K. Jagels,, A. Krogh,, J. McLean,, S. Moule,, L. Murphy,, K. Oliver,, J. Osborne,, M. A. Quail,, M.-A. Rajandream,, J. Rogers,, S. Rutter,, K. Seeger,, J. Skelton,, R. Squares,, S. Squares,, J. E. Sulston,, K. Taylor,, S. Whitehead,, and B. G. Barrell. 1998. Deciphering the biology of Mycobacterium tuberculosis from the complete genome sequence. Nature 393: 537 544.
8. Cole, S. T.,, K. Eiglmeier,, J. Parkhill,, K. D. James,, N. R. Thomson,, P. R. Wheeler,, N. Honore,, T. Garnier,, C. Churcher,, D. Harris,, K. Mungall,, D. Basham,, D. Brown,, T. Chillingworth,, R. Connor,, R. M. Davies,, K. Devlin,, S. Duthoy,, T. Feltwell,, A. Fraser,, N. Hamlin,, S. Holroyd,, T. Hornsby,, K. Jagels,, C. Lacroix,, J. Maclean,, S. Moule,, L. Murphy,, K. Oliver,, M. A. Quail,, M.-A. Rajandream,, K. M. Rutherford,, S. Rutter,, K. Seeger,, S. Simon,, M. Simmonds,, J. Skelton,, R. Squares,, S. Squares,, K. Stevens,, K. Taylor,, S. Whitehead,, J. R. Woodward,, and B. G. Barrell. 2001. Massive gene decay in the leprosy bacillus. Nature 409: 1007 1011.
9. DelVecchio, V. G.,, V. Kapatral,, R. J. Redkar,, G. Patra,, C. Mujer,, T. Los,, N. Ivanova,, I. Anderson,, A. Bhattacharyya,, A. Lykidis,, G. Reznik,, L. Jablonski,, N. Larsen,, M. D’Souza,, A. Bernal,, M. Mazur,, E. Goltsman,, E. Selkov,, P. H. Elzer,, S. Hagius,, D. O’Callaghan,, J. J. Letesson,, R. Haselkorn,, N. Kyrpides,, and R. Overbeek. 2002. The genome sequence of the facultative intracellular pathogen Brucella melitensis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99: 443 448.
10. Deng, W.,, V. Burland,, G. Plunkett III,, A. Boutin,, G. F. Mayhew,, P. Liss,, N. T. Perna,, D. J. Rose,, B. Mau,, S. Zhou,, D. C. Schwartz,, J. D. Fetherston,, L. E. Lindler,, R. R. Brubaker,, G. V. Plano,, S. C. Straley,, K. A. McDonough,, M. L. Nilles,, J. S. Matson,, F. R. Blattner,, and R. D. Perry. 2002. Genome sequence of Yersinia pestis KIM. J. Bacteriol. 184: 4601 4611.
11. Ferretti, J. J.,, W. M. McShan,, D. Ajdic,, D. J. Savic,, G. Savic,, K. Lyon,, C. Primeaux,, S. Sezate,, A. N. Suvorov,, S. Kenton,, H. S. Lai,, S. P. Lin,, Y. Qian,, H. G. Jia,, F. Z. Najar,, Q. Ren,, H. Zhu,, L. Song,, J. White,, X. Yuan,, S. W. Clifton,, B. A. Roe,, and R. McLaughlin. 2001. Complete genome sequence of an M1 strain of Streptococcus pyogenes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98: 4658 4663.
12. Fleischmann, R. D.,, M. D. Adams,, O. White,, R. A. Clayton,, E. F. Kirkness,, A. R. Kerlavage,, C. J. Bult,, J. F. Tomb,, B. A. Dougherty,, J. M. Merrick, et al. 1995. Whole-genome random sequencing and assembly of Haemophilus influenzae Rd. Science 269: 496 512.
13. Fleischmann, R. D.,, D. Alland,, J. A. Eisen,, L. Carpenter,, O. White,, J. Peterson,, R. DeBoy,, R. Dodson,, M. Gwinn,, D. Haft,, E. Hickey,, J. F. Kolonay,, W. C. Nelson,, L. A. Umayam,, M. Ermolaeva,, S. L. Salzberg,, A. Delcher,, T. Utterback,, J. Weidman,, H. Khouri,, J. Gill,, A. Mikula,, W. Bishai,, W. R. Jacobs Jr.,, J. C. Venter,, and C. M. Fraser. 2002. Whole-genome comparison of Mycobacterium tuberculosis clinical and laboratory strains. J. Bacteriol. 184: 5479 5490.
14. Fraser, C. M.,, S. Casjens,, W. M. Huang,, G. G. Sutton,, R. Clayton,, R. Lathigra,, O. White,, K. A. Ketchum,, R. Dodson,, E. K. Hickey,, M. Gwinn,, B. Dougherty,, J.-F. Tomb,, R. D. Fleischmann,, D. Richardson,, J. Peterson,, A. R. Kerlavage,, J. Quackenbush,, S. Salzberg,, M. Hanson,, R. van Vugt,, N. Palmer,, M. D. Adams,, J. Gocayne,, J. Weidman,, T. Utterback,, L. Watthey,, L. McDonald,, P. Artiach,, C. Bowman,, S. Garland,, C. Fujii,, M. D. Cotton,, K. Horst,, K. Roberts,, B. Hatch,, H. O. Smith,, and J. C. Venter. 1997. Genomic sequence of a Lyme disease spirochaete, Borrelia burgdorferi. Nature 390: 580 586.
15. Fraser, C. M.,, J. D. Gocayne,, O. White,, M. D. Adams,, R. A. Clayton,, R. D. Fleischmann,, C. J. Bult,, A. R. Kerlavage,, G. Sutton,, J. M. Kelley, et al. 1995. The minimal gene complement of Mycoplasma genitalium. Science 270: 397 403.
16. Fraser, C. M.,, S. J. Norris,, G. M. Weinstock,, O. White,, G. G. Sutton,, R. Dodson,, M. Gwinn,, E. K. Hickey,, R. Clayton,, K. A. Ketchum,, E. Sodergren,, J. M. Hardham,, M. P. McLeod,, S. Salzberg,, J. Peterson,, H. Khalak,, D. Richardson,, J. K. Howell,, M. Chidambaram,, T. Utterback,, L. McDonald,, P. Artiach,, C. Bowman,, M. D. Cotton,, C. Fujii,, S. Garland,, B. Hatch,, K. Horst,, K. Roberts,, M. Sandusky,, J. Weidman,, H. O. Smith,, and J. C. Venter. 1998. Complete genome sequence of Treponema pallidum, the syphilis spirochete. Science 281: 375 388.
17. Glaser, P.,, L. Frangeul,, C. Buchrieser,, C. Rusniok,, A. Amend,, F. Baquero,, P. Berche,, H. Bloecker,, P. Brandt,, T. Chakraborty,, A. Charbit,, F. Chetouani,, E. Couve,, A. de Daruvar,, P. Dehoux,, E. Domann,, G. Dominguez-Bernal,, E. Duchaud,, L. Durant,, O. Dussurget,, K. D. Entian,, H. Fsihi,, F. Garcia-del Portillo,, P. Garrido,, L. Gautier,, W. Goebel,, N. Gomez-Lopez,, T. Hain,, J. Hauf,, D. Jackson,, L. M. Jones,, U. Kaerst,, J. Kreft,, M. Kuhn,, F. Kunst,, G. Kurapkat,, E. Madueno,, A. Maitournam,, J. M. Vicente,, E. Ng,, H. Nedjari,, G. Nordsiek,, S. Novella,, B. de Pablos,, J. C. Perez- Diaz,, R. Purcell,, B. Remmel,, M. Rose,, T. Schlueter,, N. Simoes,, A. Tierrez,, J. A. Vazquez-Boland,, H. Voss,, J. Wehland,, and P. Cossart. 2001. Comparative genomics of Listeria species. Science 294: 849 852.
18. Glaser, P.,, C. Rusniok,, C. Buchrieser,, F. Chevalier,, L. Frangeul,, T. Msadek,, M. Zouine,, E. Couve,, L. Lalioui,, C. Poyart,, P. Trieu-Cuot,, and F. Kunst. 2002. Genome sequence of Streptococcus agalactiae, a pathogen causing invasive neonatal disease. Mol. Microbiol. 45: 1499 1513.
19. Glass, J. I.,, E. J. Lefkowitz,, J. S. Glass,, C. R. Heiner,, E. Y. Chen,, and G. H. Cassell. 2000. The complete sequence of the mucosal pathogen Ureaplasma urealyticum. Nature 407: 757 762.
20. Hayashi, T.,, K. Makino,, M. Ohnishi,, K. Kurokawa,, K. Ishii,, K. Yokoyama,, C. G. Han,, E. Ohtsubo,, K. Nakayama,, T. Murata,, M. Tanaka,, T. Tobe,, T. Iida,, H. Takami,, T. Honda,, C. Sasakawa,, N. Ogasawara,, T. Yasunaga,, S. Kuhara,, T. Shiba,, M. Hattori,, and H. Shinagawa. 2001. Complete genome sequence of enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 and genomic comparison with a laboratory strain K- 12. DNA Res. 8: 11 22.
21. Heidelberg, J. F.,, J. A. Eisen,, W. C. Nelson,, R. A. Clayton,, M. L. Gwinn,, R. J. Dodson,, D. H. Haft,, E. K. Hickey,, J. D. Peterson,, L. Umayam,, S. R. Gill,, K. E. Nelson,, T. D. Read,, T. Tettelin,, D. Richardson,, M. D. Ermolaeva,, J. Vamathevan,, S. Bass,, H. Qin,, I. Dragoi,, P. Sellers,, L. McDonald,, T. Utterback,, R. D. Fleishmann,, W. C. Nierman,, and O. White. 2000. DNA sequence of both chromosomes of the cholera pathogen Vibrio cholerae. Nature 406: 477 483.
22. Himmelreich, R.,, H. Hilbert,, H. Plagens,, E. Pirkl,, B. C. Li,, and R. Herrmann. 1996. Complete sequence analysis of the genome of the bacterium Mycoplasma pneumoniae. Nucleic Acids Res. 24: 4420 4449.
23. Hoskins, J.,, W. E. Alborn Jr.,, J. Arnold,, L. C. Blaszczak,, S. Burgett,, B. S. DeHoff,, S. T. Estrem,, L. Fritz,, D. J. Fu,, W. Fuller,, C. Geringer,, R. Gilmour,, J. S. Glass,, H. Khoja,, A. R. Kraft,, R. E. Lagace,, D. J. LeBlanc,, L. N. Lee,, E. J. Lefkowitz,, J. Lu,, P. Matsushima,, S. M. McAhren,, M. McHenney,, K. McLeaster,, C. W. Mundy,, T. I. Nicas,, F. H. Norris,, M. O’Gara,, R. B. Peery,, G. T. Robertson,, P. Rockey,, P. M. Sun,, M. E. Winkler,, Y. Yang,, M. Young-Bellido,, G. Zhao,, C. A. Zook,, R. H. Baltz,, S. R. Jaskunas,, P. R. Rosteck Jr.,, P. L. Skatrud,, and J. I. Glass. 2001. Genome of the bacterium Streptococcus pneumoniae strain R6. J. Bacteriol. 183: 5709 5717.
24. Jin, Q.,, Z. Yuan,, J. Xu,, Y. Wang,, Y. Shen,, W. Lu,, J. Wang,, H. Liu,, J. Yang,, F. Yang,, X. Zhang,, J. Zhang,, G. Yang,, H. Wu,, D. Qu,, J. Dong,, L. Sun,, Y. Xue,, A. Zhao,, Y. Gao,, J. Zhu,, B. Kan,, K. Ding,, S. Chen,, H. Cheng,, Z. Yao,, B. He,, R. Chen,, D. Ma,, B. Qiang,, Y. Wen,, Y. Hou,, and J. Yu. 2002. Genome sequence of Shigella flexneri 2a: insights into pathogenicity through comparison with genomes of Escherichia coli K12 and O157. Nucleic Acids Res. 30: 4432 4441.
25. Kalman, S.,, W. Mitchell,, R. Marathe,, C. Lammel,, J. Fan,, R. W. Hyman,, L. Olinger,, J. Grimwood,, R. W. Davis,, and R. S. Stephens. 1999. Comparative genomes of Chlamydia pneumoniae and C. trachomatis. Nat. Genet. 21: 385 389.
26. Kapatral, V.,, I. Anderson,, N. Ivanova,, G. Reznik,, T. Los,, A. Lykidis,, A. Bhattacharyya,, A. Bartman,, W. Gardner,, G. Grechkin,, L. Zhu,, O. Vasieva,, L. Chu,, Y. Kogan,, O. Chaga,, E. Goltsman,, A. Bernal,, N. Larsen,, M. D’Souza,, T. Walunas,, G. Pusch,, R. Haselkorn,, M. Fonstein,, N. Kyrpides,, and R. Overbeek. 2002. Genome sequence and analysis of the oral bacterium Fusobacterium nucleatum strain ATCC 25586. J. Bacteriol. 184: 2005 2018.
27. Kuroda, M.,, T. Ohta,, I. Uchiyama,, T. Baba,, H. Yuzawa,, I. Kobayashi,, L. Cui,, A. Oguchi,, K. Aoki,, Y. Nagai,, J. Lian,, T. Ito,, M. Kanamori,, H. Matsumaru,, A. Maruyama,, H. Murakami,, A. Hosoyama,, Y. Mizutani-Ui,, N. K. Takahashi,, T. Sawano,, R. Inoue,, C. Kaito,, K. Sekimizu,, H. Hirakawa,, S. Kuhara,, S. Goto,, J. Yabuzaki,, M. Kanehisa,, A. Yamashita,, K. Oshima,, K. Furuya,, C. Yoshino,, T. Shiba,, M. Hattori,, N. Ogasawara,, H. Hayashi,, and K. Hiramatsu. 2001. Whole genome sequencing of meticillin-resistant Staphylococcus aureus. Lancet 357: 1225 1240.V
28. May, B. J.,, Q. Zhang,, L. L. Li,, M. L. Paustian,, T. S. Whittam,, and V. Kapur. 2001. Complete genomic sequence of Pasteurella multocida, Pm70. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98: 3460 3465.
29. McClelland, M.,, K. E. Sanderson,, J. Spieth,, S. W. Clifton,, P. Latreille,, L. Courtney,, S. Porwollik,, J. Ali,, M. Dante,, F. Du,, S. Hou,, D. Layman,, S. Leonard,, C. Nguyen,, K. Scott,, A. Holmes,, N. Grewal,, E. Mulvaney,, E. Ryan,, H. Sun,, L. Florea,, W. Miller,, T. Stoneking,, M. Nhan,, R. Waterston,, and R. K. Wilson. 2001. Complete genome sequence of Salmonella enterica serovar Typhimurium LT2. Nature 413: 852 856.
30. Ogata, H.,, S. Audic,, V. Barbe,, F. Artiguenave,, P. E. Fournier,, D. Raoult,, and J. M. Claverie. 2000. Selfish DNA in protein-coding genes of Rickettsia. Science 290: 347 350.
31. Parkhill, J.,, M. Achtman,, K. D. James,, S. D. Bentley,, C. Churcher,, S. R. Klee,, G. Morelli,, D. Basham,, D. Brown,, T. Chillingworth,, R. M. Davies,, P. Davis,, K. Devlin,, T. Feltwell,, N. Hamlin,, S. Holroyd,, K. Jagels,, S. Leather,, S. Moule,, K. Mungall,, M. A. Quail,, M.-A. Rajandream,, K. M. Rutherford,, M. Simmonds,, J. Skelton,, S. Whitehead,, B. G. Spratt,, and B. G. Barrell. 2000. Complete DNA sequence of a serogroup A strain of Neisseria meningitidis Z2491. Nature 404: 502 506.
32. Parkhill, J.,, G. Dougan,, K. D. James,, N. R. Thomson,, D. Pickard,, J. Wain,, C. Churcher,, K. L. Mungall,, S. D. Bentley,, M. T. Holden,, M. Sebaihia,, S. Baker,, D. Basham,, K. Brooks,, T. Chillingworth,, P. Connerton,, A. Cronin,, P. Davis,, R. M. Davies,, L. Dowd,, N. White,, J. Farrar,, T. Feltwell,, N. Hamlin,, A. Haque,, T. T. Hien,, S. Holroyd,, K. Jagels,, A. Krogh,, T. S. Larsen,, S. Leather,, S. Moule,, P. O’Gaora,, C. Parry,, M. Quail,, K. Rutherford,, M. Simmonds,, J. Skelton,, K. Stevens,, S. Whitehead,, and B. G. Barrell. 2001. Complete genome sequence of a multiple drug resistant Salmonella enterica serovar Typhi CT18. Nature 413: 848 852.
33. Parkhill, J.,, B. W. Wren,, K. Mungall,, J. M. Ketley,, C. Churcher,, D. Basham,, T. Chillingworth,, R. M. Davies,, T. Feltwell,, S. Holroyd,, K. Jagels,, A. V. Karlyshev,, S. Moule,, M. J. Pallen,, C. W. Penn,, M. A. Quail,, M.-A. Rajandream,, K. M. Rutherford,, A. H. van Vliet,, S. Whitehead,, and B. G. Barrell. 2000. The genome sequence of the food-borne pathogen Campylobacter jejuni reveals hypervariable sequences. Nature 403: 665 668.
34. Parkhill, J.,, B. W. Wren,, N. R. Thomson,, R. W. Titball,, M. T. Holden,, M. B. Prentice,, M. Sebaihia,, J. D. James,, C. Churcher,, K. L. Mungall,, S. Baker,, D. Basham,, S. D. Bentley,, K. Brooks,, A. M. Cerdeno-Tarraga,, T. Chillingworth,, A. Cronin,, R. M. Davies,, P. Davis,, G. Dougan,, T. Feltwell,, N. Hamlin,, S. Holroyd,, K. Jagels,, A. V. Karlyshev,, S. Leather,, S. Moule,, P. C. Oyston,, M. Quail,, K. Rutherford,, M. Simmonds,, J. Skelton,, K. Stevens,, S. Whitehead,, and B. G. Barrell. 2001. Genome sequence of Yersinia pestis, the causative agent of plague. Nature 413: 523 527.
35. Paulsen, I. T.,, R. Seshadri,, K. E. Nelson,, J. A. Eisen,, J. F. Heidelberg,, T. D. Read,, R. J. Dodson,, L. Umayam,, L. M. Brinkac,, M. J. Beanan,, S. C. Daugherty,, R. T. Deboy,, A. S. Durkin,, J. F. Kolonay,, R. Madupu,, W. C. Nelson,, B. Ayodeji,, M. Kraul,, J. Shetty,, J. Malek,, S. E. Van Aken,, S. Riedmuller,, H. Tettelin,, S. R. Gill,, O. White,, S. L. Salzberg,, D. L. Hoover,, L. E. Lindler,, S. M. Halling,, S. M. Boyle,, and C. M. Fraser. 2002. The Brucella suis genome reveals fundamental similarities between animal and plant pathogens and symbionts. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99: 13148 13153.
36. Perna, N. T.,, G. Plunkett III,, V. Burland,, B. Mau,, J. D. Glasner,, D. J. Rose,, G. F. Mayhew,, P. S. Evans,, J. Gregor,, H. A. Kirkpatrick,, G. Posfai,, J. Hackett,, S. Klink,, A. Boutin,, Y. Shao,, L. Miller,, E. J. Grotbeck,, N. W. Davis,, A. Lim,, E. T. Dimalanta,, K. D. Potamousis,, J. Apodaca,, T. S. Anantharaman,, J. Lin,, G. Yen,, D. D. Schwartz,, R. A Welch,, and F. R. Blattner. 2001. Genome sequence of enterohaemorrhagic Escherichia coli O157:H7. Nature 409: 529 533.
37. Read, T. D.,, R. C. Brunham,, C. Shen,, S. R. Gill,, J. F. Heidelberg,, O. White,, E. K. Hickey,, J. Peterson,, T. Utterback,, K. Berry,, S. Bass,, K. Linher,, J. Weidman,, H. Khouri,, B. Craven,, C. Bowman,, R. Dodson,, M. Gwinn,, W. Nelson,, R. DeBoy,, J. Kolonay,, G. McClarty,, S. L. Salzberg,, J. Eisen,, and C. M. Fraser. 2000. Genome sequences of Chlamydia trachomatis MoPn and Chlamydia pneumoniae AR39. Nucleic Acids Res. 28: 1397 1406.
38. Sasaki, Y.,, J. Ishikawa,, A. Yamashita,, K. Oshima,, T. Kenri,, K. Furuya,, C. Yoshino,, A. Horino,, T. Shiba,, T. Sasaki,, and M. Hattori. 2002. The complete genomic sequence of Mycoplasma penetrans, an intracellular bacterial pathogen in humans. Nucleic Acids Res. 30: 5293 5300.
39. Shimizu, T.,, K. Ohtani,, H. Hirakawa,, K. Ohshima,, A. Yamashita,, T. Shiba,, N. Ogasawara,, M. Hattori,, S. Kuhara,, and H. Hayashi. 2002. Complete genome sequence of Clostridium perfringens, an anaerobic flesh-eater. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99: 996 1001.
40. Shirai, M.,, H. Hirakawa,, M. Kimoto,, M. Tabuchi,, F. Kishi,, K. Ouchi,, T. Shiba,, K. Ishii,, M. Hattori,, S. Kuhara,, and T. Nakazawa. 2000. Comparison of whole genome sequences of Chlamydia pneumoniae J138 from Japan and CWL029 from USA. Nucleic Acids Res. 28: 2311 2314.
41. Simpson, A. J.,, F. C. Reinach,, P. Arruda,, F. A. Abreu,, M. Acencio,, R. Alvarenga,, L. M. Alves,, J. E. Araya,, G. S. Baia,, C. S. Baptista,, M. H. Barros,, E. D. Bonaccorsi,, S. Bordin,, J. M. Bove,, M. R. Briones,, M. R. Bueno,, A. A. Camargo,, L. E. Camargo,, D. M. Carraro,, H. Carrer,, N. B. Colauto,, C. Colombo,, F. F. Costa,, M. C. Costa,, C. M. Costa-Neto,, L. L. Coutinho,, M. Cristofani,, E. Dias-Neto,, C. Docena,, H. El-Dorry,, A. P. Facincani,, A. J. Ferreira,, V. C. Ferreira,, J. A. Ferro,, J. S. Fraga,, S. C. Franca,, M. C. Franco,, M. Frohme,, L. R. Furlan,, M. Garnier,, G. H. Goldman,, M. H. Goldman,, S. L. Gomes,, A. Gruber,, P. L. Ho,, J. D. Hoheisel,, M. L. Junqueira,, E. L. Kemper,, J. P. Kitajima,, J. E. Krieger,, E. E. Kuramae,, F. Laigret,, M. R. Lambais,, L. C. Leite,, E. G. Lemos,, M. V. Lemos,, S. A. Lopes,, C. R. Lopes,, J. A. Machado,, M. A. Machado,, A. M. Madeira,, H. M. Madeira,, C. L. Marino,, M. V. Marques,, E. A. Martins,, E. M. Martins,, A. Y. Matsukuma,, C. F. Menck,, E. C. Miracca,, C. Y. Miyaki,, C. B. Monteriro- Vitorello,, D. H. Moon,, M. A. Nagai,, A. L. Nascimento,, L. E. Netto,, A. Nhani Jr.,, F. G. Nobrega,, L. R. Nunes,, M. A. Oliveira,, M. C. de Oliveira,, R. C. de Oliveira,, D. A. Palmieri,, A. Paris,, B. R. Peixoto,, G. A. Pereira,, H. A. Pereira Jr.,, J. B. Pesquero,, R. B. Quaggio,, P. G. Roberto,, V. Rodrigues,, A. J. de M Rosa,, V. E. de Rosa Jr.,, R. G. de Sa,, R. V. Santelli,, H. E. Sawasaki,, A. C. da Silva,, A. M. da Silva,, F. R. da Silva,, W. A. da Silva Jr.,, J. F. da Silveira,, M. L. Silvestri,, W. J. Siqueira,, A. A. de Souza,, A. P. de Souza,, M. F. Terenzi,, D. Truffi,, S. M. Tsai,, M. H. Tsuhako,, H. Vallada,, M. A. Van Sluys,, S. Verjovski-Almeida,, A. L. Vettore,, M. A. Zago,, M. Zatz,, J. Meidanis,, and J. C. Setubal. 2000. The genome sequence of the plant pathogen Xylella fastidiosa. The Xylella fastidiosa Consortium of the Organization for Nucleotide Sequencing and Analysis. Nature 40: 151 157.
42. Smoot, J. C.,, K. D. Barbian,, J. J. Van Gompel,, L. M. Smoot,, M. S. Chaussee,, G. L. Sylva,, D. E. Sturdevant,, S. M. Ricklefs,, S. F. Porcella,, L. D. Parkins,, S. B. Beres,, D. S. Campbell,, T. M. Smith,, Q. Zhang,, V. Kapur,, J. A. Daly,, L. G. Veasy,, and J. M. Musser. 2002. Genome sequence and comparative microarray analysis of serotype M18 group A Streptococcus strains associated with acute rheumatic fever outbreaks. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99: 4668 4673.
43. Stephens, R. S.,, S. Kalman,, C. Lammel,, J. Fan,, R. Marathe,, L. Aravind,, W. Mitchell, L Olinger, R. L. Tatusov, Q. Zhao, E. V. Koonin, and R. W. Davis. 1998. Genome sequence of an obligate intracellular pathogen of humans: Chlamydia trachomatis. Science 282: 754 759.
44. Stover, C. K.,, X. Q. Pham,, A. L. Erwin,, S. D. Mizoguchi,, P. Warrener,, M. J. Hickey,, F. S. Brinkman,, W. O. Hufnagle,, D. J. Kowalik,, M. Lagrou,, R. L. Garber,, L. Goltry,, E. Tolentino,, S. Westbrock-Wadman,, Y. Yuan,, L. L. Brody,, S. N. Coulter,, K. R. Folger,, A. Kas,, K. Larbig,, R. Lim,, K. Smith,, D. Spencer,, G. K. Wong,, Z. Wu,, I. T. Paulsen,, J. Reizer,, M. H. Saier,, R. E. Hancock,, S. Lory,, and M. V. Olson. 2000. Complete genome sequence of Pseudomonas aeruginosa PA01, an opportunistic pathogen. Nature 406: 959 964.
45. Tettelin, H.,, V. Masignani,, M. J. Cieslewicz,, J. A. Eisen,, S. Peterson,, M. R. Wessels,, I. T. Paulsen,, K. E. Nelson,, I. Margarit,, T. D. Read,, L. C. Madoff,, A. M. Wolf,, M. J. Beanan,, L. M. Brinkac,, S. C. Daugherty,, R. T. DeBoy,, A. S. Durkin,, J. F. Kolonay,, R. Madupu,, M. R. Lewis,, D. Radune,, N. B. Fedorova,, D. Scanlan,, H. Khouri,, S. Mulligan,, H. A. Carty,, R. T. Cline,, S. E. Van Aken,, J. Gill,, M. Scarselli,, M. Mora,, E. T. Iacobini,, C. Brettoni,, G. Galli,, M. Mariani,, F. Vegni,, D. Maione,, D. Rinaudo,, R. Rappuoli,, J. L. Telford,, D. L. Kasper,, G. Grandi,, and C. M. Fraser. 2002. Complete genome sequence and comparative genomic analysis of an emerging human pathogen, serotype V Streptococcus agalactiae. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99: 12391 12396.
46. Tettelin, H.,, K. E. Nelson,, I. T. Paulsen,, J. A. Eisen,, T. D. Read,, S. Peterson,, J. Heidelberg,, R. T. DeBoy,, D. H. Haft,, R. J. Dodson,, A. S. Durkin,, M. Gwinn,, J. F. Kolonay,, W. C. Nelson,, J. D. Peterson,, L. A. Umayam,, O. White,, S. L. Salzberg,, M. R. Lewis,, D. Radune,, E. Holtzapple,, H. Khouri,, A. M. Wolf,, T. R. Utterback,, C. L. Hansen,, L. A. McDonald,, T. V. Feldblyum,, S. Angiuoli,, T. Dickinson,, E. K. Hickey,, I. E. Holt,, B. J. Loftus,, F. Yang,, H. O. Smith,, J. C. Venter,, B. A. Dougherty,, D. A. Morrison,, S. K. Hollingshead,, and C. M. Fraser. 2001. Complete genome sequence of a virulent isolate of Streptococcus pneumoniae. Science 293: 498 506.
47. Tomb, J.-F.,, O. White,, A. R. Kerlavage,, R. A. Clayton,, G. G. Sutton,, R. D. Fleischmann,, K. A. Ketchum,, H. P. Klenk,, S. Gill,, B. A. Dougherty,, K. Nelson,, J. Quackenbush,, L. Zhou,, E. F. Kirkness,, S. Peterson,, B. Loftus,, D. Richardson,, R. Dodson,, H. G. Khalak,, A. Glodek,, K. McKenney,, L. M. Fitzegerald,, N. Lee,, M. D. Adams,, E. K. Hickey,, D. E. Berg,, J. D. Gocayne,, T. R. Utterback,, J. D. Peterson,, J. M. Kelley,, M. D. Cotton,, J. M. Weidman,, C. Fujii,, C. Bowman,, L. Watthey,, E. Wallin,, W. S. Hayes,, M. Borodovsky,, P. D. Karp,, H. O. Smith,, C. M. Fraser,, and J. C. Venter. 1997. The complete genome sequence of the gastric pathogen Helicobacter pylori. Nature 388: 539 547.
48. Welch, R. A.,, V. Burland,, G. Plunkett III,, P. Redford,, P. Roesch,, D. Rasko,, E. L. Buckles,, S. R. Liou,, A. Boutin,, J. Hackett,, D. Stroud,, G. F. Mayhew,, D. J. Rose,, S. Zhou,, D. C. Schwartz,, N. T. Perna,, H. L. Mobley,, M. S. Donnenberg,, and F. R. Blattner. 2002. Extensive mosaic structure revealed by the complete genome sequence of uropathogenic Escherichia coli. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99: 17020 17024.

Tables

Generic image for table
Table 2.1

Bacterial animal pathogen genomes completed and published by the end of 2002

Citation: Bentley S, Sebaihia M, Thomson N, Holden M, Crossman L, Bell K, Cerdeño-Tarraga A, Parkhill J. 2004. 2 Bacterial Human Pathogen Genomes: an Overview, p 35-62. In Cossart P, Boquet P, Normark S, Rappuoli R (ed), Cellular Microbiology, Second Edition. ASM Press, Washington, DC. doi: 10.1128/9781555817633.ch2

This is a required field
Please enter a valid email address
Please check the format of the address you have entered.
Approval was a Success
Invalid data
An Error Occurred
Approval was partially successful, following selected items could not be processed due to error